瓊脂糖凝膠電泳是分離鑒定和純化DN段的常用方法。DNA分子在瓊脂糖凝膠中泳動時有電荷效應和分子篩效應，DNA分子在高于等電點的pH溶液中帶負電荷，在電場中向正極移動。由于糖磷酸骨架在結構上的重復性質，相同數量的雙鏈DNA幾乎具有等量的凈電荷，因此它們能以同樣的速度向正極方向移動。不同濃度瓊脂糖凝膠可以分離從200bp至50kb的DN段。在瓊脂糖溶液中加入低濃度的溴化乙錠（ethidum bromide ,EB），在紫外光下可以檢出 10ng的DNA條帶，在電場中，pH8.0條件下，凝膠中帶負電荷的DNA向陽極遷移。

  瓊脂糖凝膠有如下特點：

  （1）DNA的分子大小 在凝膠基質中其遷移速率與堿基對數目的常用對數值成反比，分子越大遷移得越慢。

  （2）瓊脂糖濃度 一個特定大小的線形DNA分子,其遷移速度在不同濃度的瓊脂糖凝膠中各不相同。DNA電泳遷移率（u）的對數與凝膠濃度（t）成線性關系。

  （3）電壓 低電壓時，線狀DN段遷移速率與所加電壓成正比。但是隨著電場強度的增加，不同分子量DN段的遷移率將以不同的幅度增長，隨著電壓的增加，瓊脂糖凝膠的有效分離范圍將縮小。要使大于2kb的DN段的分辨率達到，所加電壓不得超過5v/cm。

  （4）電泳溫度 DNA在瓊脂糖凝膠電泳中的電泳行為受電泳時的溫度影響不明顯，不同大小的DN段其相對遷移速率在4℃與30℃之間不發生明顯改變，但濃度低于0.5%的凝膠或低熔點凝膠較為脆弱，在4℃條件下電泳。

（5）嵌入染料 熒光染料溴化乙錠用于檢測瓊脂糖凝膠中的DNA，染料嵌入到堆積的堿基對間并拉長線狀和帶缺口的環狀DNA,使其剛性更強,還會使線狀遷移率降低15%。

（6）離子強度 電泳緩沖液的組成及其離子強度影響DNA電泳遷移率。在沒有離子存在時（如誤用蒸餾水配制凝膠，電導率zui小，DNA幾乎不移動，在高離子強度的緩沖液中（如誤加10×電泳緩沖液），則電導很高并明顯產熱，嚴重時會引起凝膠熔化。

  對于天然的雙鏈，常用的幾種電泳緩沖液有TAE、TBE等，一般配制成濃縮母液，室溫保存，用時稀釋。